La Capellanía del colegio tiene como finalidad proporcionar formación cristiana y atención espiritual a todos los miembros del colegio -padres, profesoras y alumnos- que libremente lo deseen.
Para realizar esta tarea, la Capellanía organiza las ceremonias religiosas que se celebran en el colegio: retiros mensuales, las confesiones, las pláticas, las conferencias doctrinales y otras actividades de carácter formativo. Además, los capellanes atienden gustosamente las consultas de todos aquellos padres y profesoras que soliciten consejo y orientación para el desarrollo de su vida personal, tanto en los aspectos humanos como en los espirituales.
Por otro lado, desde la Capellanía se procura respaldar la formación en la fe, fomentando la generosidad y el hábito de pensar en los demás, enseñando a los alumnos a vivir el compañerismo, manifestado en obras de servicio.
A petición de Alcaste, la Prelatura del Opus Dei nombra los sacerdotes que prestan la asistencia espiritual. Estos sacerdotes realizan su trabajo bajo su personal responsabilidad, sin que el Opus Dei adquiera responsabilidad jurídica o moral de ningún tipo en relación con el colegio.
El Capellán del colegio es D. Guillermo González Alcón y el capellán de familias es D. Pablo Prieto.